Die Geschichte von Chipiona ist eng mit dem Meer, den Fischern und seinem Leuchtturm verbunden. Bereits zur Zeit von Pomponio Mela sprach man von einem Leuchtturm an der Mündung des Guadalquivir und der Leuchturm begründete die Stadt Chipiona und gab ihr ihren Namen.

Die frühesten Funde, die uns etwas vom Leben in diesem Gebiet erzählen, stammen aus dem 2. Jahrhundert vor Christus, aus der römischen Zeit, und deshalb ist die vorherige Geschichte pure Spekulation. Aus dem Mittelalter weiss man aus schriftlichen Quellen, dass die Anhänger von San Agustin aus Afrika die Madonna Virgen de la Regla mitbrachten und in Chipiona einliefen, daher stammt die Patronin der Stadt, die Virgen de la Regla.

Das Gnadenbild, das diese Seefahrer mitbrachten, wurde zur Stadtpatronin und zu ihrem Bild, in der maurischen Zeit jedoch wurde es versteckt und tauchte öffentlich erst im 16. Jahrhundert wieder auf, als die Stadt von Ferdinand III. dem Heiligen zurückerobert worden war, wenn auch die eigentliche Rückeroberung von den Mauren bereits 1265 durch Alfons X. den Weisen erfolgte.

Jahrhunderte später gibt es ein weiteres markantes Datum in der Geschichte von Chipiona, diesem beeindruckenden Ort, nämlich das Jahr 1755, als ein sehr starkes Erdbeben Lissabon erschütterte, dessen Auswirkungen im Alentejo, an der Algarve und den Küsten der Provinzen Huelva und Cadiz spürbar waren. Chipiona wurde von den Folgen des Erdbebens schwer getroffen, durch die Flutwellen und Überschwemmungen, die das unterseeische Beben auslöste. Dieses tragische Ereignis fand im November 1755 statt und heute gedenkt man dieses Tages besonders, in der Hoffnung, dass sich eine solche Tragödie nie wiederholt.

Ab 1869 gibt es ein weiteres wichtiges Datum, das Jahr 1867, als mit dem Bau des Leuchturm von Chipiona begonnen wurde, dem wichtigsten Wahrzeichen der Stadt. Seine Höhe von 70 Metern macht den Leuchturm mehr als 20 Kilometer vor der Küste für die Schiffe sichtbar und zu einem der wichtigsten in Europa. Nicht umsonst ist er der höchte Leuchtturm in Spanien. Dieser Leuchturm weist den Schiffern den Weg und verhindert, dass sie am Piedra Salmedina auf Grund laufen, wenn sie in die Mündung des Guadalquivir einfahren.

Der Sporthafen, die Promenade, die umliegenden Wohnanlagen, alle sind Bauten und Inversionen, die Chipiona in der letzten Zeit ein wichtiges wirtschaftliches Wachstum beschert haben. Im Moment sind der Tourismus, die Fischerei und die Züchtung von Blumen wichtige Zweige der Wirtschaft in Chipiona.